就在唐军决定东征的同时，李渊也调整了军队部署，他任命裴寂为并州行台尚书，辅助讨伐刘武周不力的四子李元吉，又令李孝基率两万军补充太原的兵力，使太原兵力达七万人，既可以阻挡刘武周南下，也可以应对上党郡隋军西扩。
与此同时，李渊又将驻守在离石郡的王伯当共一万五千人调到河东郡，与柴绍部一万人合并，共两万五千人守河东郡及晋南。
为了集中兵力，避免不必要的军队浪费，李渊又撤销了延安郡的驻军，将延安郡的五千人调给李世民用于东征，而延安郡的守将正是裴仁基。
秦琼也就因此成了李世民的部将，李世民对裴仁基不感兴趣，令他守上洛郡，而秦琼则得到了李世民的赏识，跟随李世民南下襄阳。
目前秦琼的官职并不高，虽然在河内郡时，李建成曾经表现出重用他的姿态，但那只是为了架空裴仁基，而并非真的赏识他。
随着李建成的职责全面转为政务，秦琼也渐渐被冷落，没有战功也没有提升，默默无闻，在唐军军制改革后，他的军职被定为中郎将，相当于隋军的鹰杨郎将。
而当年和他同时期的罗士信、裴行俨等人都已成为统帅千军万马的将军了，甚至连他的义子秦用也升为了鹰扬郎将，与他平级，这让秦琼心情十分郁闷。
不过这次军队调整，秦琼终于得到了机会，李世民颇为赏识他，将他带来了襄阳，使他终于摆脱了官场上一直倒霉透顶的裴仁基，有了出征立功的机会。
刚到襄阳，秦琼便被李世民派人请到大帐，大帐内，李世民正在地图前和屈突通、桑显商议进兵江夏之事，均阳县遭袭之事李世民暂时不想告诉父皇，他准备在拿下江夏郡后将两件事一起上报，冲淡均阳县的责任。
这时，秦琼快步走进大帐，单膝跪下行礼，“卑职秦琼参见秦王殿下，参见屈突将军，参见桑将军！”
“秦将军请起！”
李世民笑着对二人介绍道：“这位就是秦琼将军，被沙尘掩埋的明珠。”
秦琼心中感动，连忙躬身道：“谢殿下夸奖，秦琼担当不起！”
屈突通打量秦琼一眼，淡淡道：“我知道秦将军，秦将军是张须陀的部将吧！”
“正是！”秦琼心中有点不安，他感觉屈突通知道自己的老底。
屈突通又对李世民道：“当年张须陀组建了飞鹰军，南征北战，破王薄，逐徐圆朗，灭格谦，攻灭刘霸道、左孝友、孟让、张金称、郝孝德、杨公卿，以两万