在山西、河南两方巡视组各自取得进展的同时，八月中旬，刘衍下令在两京一十三省各设驻防总兵一人、副总兵一人，负责统领本省各营驻防军兵马。不过国防军总兵官的级别是从一品，副总兵是正二品，而驻防总兵是正二品，副总兵是从二品。
此番下达命令，刘衍特别关注四川，特命秦良玉为四川总兵官，以其子马祥麟为副总兵,立即在四川落实军改之策。同时严令兵部左侍郎、四川巡抚陈士奇在四川各地严格落实新政之策，以半年为期观其效用，否则便予以罢职，押解回京。
如今四支巡视组已经分头巡视地方，但是刘衍心中最担心的，依然有两个地方，一个是四川，一个是南直隶。
自古四川便非常容易形成割据之势，特别是眼下朝廷与地方因为新政、军改之策形成事实上的对立局面，对于四川,刘衍更是特别关注。
不过好在如今秦良玉还在，将其提拔起来，四川暂时应该是稳定的，接下来只要看新政、军改在四川能否能够落实就好。
不过对于南直隶那边，刘衍就没有这么乐观了。
“南京城可是一块神仙地啊，南京城里遍地都是老狐狸！”
九月中旬，刘衍在接到了南方巡视组蒋德璟的急报后，对南京留守朝廷的众人做出了如此评价，随后便召集内阁各尚书举行了小朝议，决定自己亲自率领国防军第十二军右营南下，
前往南京城,为南方巡视组助阵。
“南京六部官吏拒绝执行朝廷新政、军改方略，至今连南京朝廷各部的改组都没有完成，更不用说在地方上推行新政和军改之策了，这是在对抗朝廷！”
“此番本公决定亲自南下，并以第十二军副总兵鲍羌领军，随本公一同南下，大军两日后启程。”
众人闻言顿时心中大惊，看样子刘衍是准备对南京六部进行一番清洗了。
此时刘衍对十几位尚书说道：“本公离京之后，朝中事务以陈尚书牵头，凡遇大事，以内阁表决为准。如边关有战事，则以国防军各军固守抗敌，本公没有回到北京城，各军均不得主动出击！”
“遵命！”
两天后，刘衍、鲍羌率领第十二军右营一万七千余名将士从宣武门出城，一路南下前往南京城。
与此同时，在南京城内，南方巡视组被南京礼部安顿在城中的馆驿之中，蒋德璟数次要求召开朝议，对南京各部官吏部署落实新政、军改之策的方略，可是都没有得到任何回应。
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